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　発生するエラーは

"フォーム.resources" は "Resources" パラメータで 1 度以上指定されました。重複した項目は "Resources" パラメータではサポートされていません。

です。原因は、ひとつのフォームにひとつのリソースファイルしか存在しないのに、 Partialクラスのリソースファイルが生成されることにあります。ぐぐっていろいろ調べてみましたが、 解決策がなかったので自力で解決しました。

■解決法

1. プロジェクトを一端閉じる
2. 新たに作成されたリソースファイル(resx)を削除する
3. プロジェクトファイル(vbproj)をエディタで開く
4. (2)で削除したリソースファイルの記述を探す
5. (4)を削除する
6. コンパイルし直す

リソースの記述例。

<EmbeddedResource Include="frmMainPartial.resx">
    <SubType>Designer</SubType>
    <DependentUpon>frmMain.vb</DependentUpon>
</EmbeddedResource>

誤って正しいリソースの記述を消さないようにしてください。

　しかし、MSもこういう罠はつぶしておいて欲しいものです。